Малая Лапеница известна с 16-го века как центр земельных владений, принадлежащих дворянскому роду Клочко. Со второй половины 17-го века деревня принадлежала Огинским - старинному роду герба «Огинец», которые сыграли важную роль в государственной, общественно-политической и культурной жизни Беларуси, Литвы, Польши и России. К слову, в то время здесь было две деревни с названием Лапеница: Малая Лапеница, где жили крестьяне, и Великая Лапеница, где находилась главная усадьба Огинских.

Одним из наиболее известных владельцев деревни был Ян Огинский, хорунжий Волковысского повета, депутат от повета на Виленский Трибунал, затем маршалок Волковысский, подвоевода Виленский и одновременно староста Кричевский, польский писарь ВКЛ. Большую часть жизни он провел в военных походах, участвовал в многочисленных сражениях, в том числе в исторической битве с турками под Веной в 1683 году.

В честь победы в этой битве и в благодарность за благополучное возвращение домой владелец имения пожертвовал 10 тысяч злотых на строительство в Великой Лапенице каменного костела и монастыря францисканцев. Северная война и тяжелая экономическая обстановка повлияли на сроки возведения религиозных объектов. И только в 1792 году монастырь и костел были, наконец, достроены.

Век монастыря оказался недолгим. За то, что монахи-францисканцы поддержали дворянское восстание 1831 года, Николай І приказал закрыть Велико-Лапеницкую обитель. Костел был передан православной церкви, а на его перестройку, в соответствии с традициями православного храма, было выделено больше 3 тысяч рублей серебром. Для укрепления православной веры Александр III подарил новой церкви тысячепудовый колокол. Говорят, что его звон был слышен даже в Волковыске.

В 1919 году, когда Западная Беларусь вошла в состав Польши, церковь вновь передали католикам. То церковью, то костелом храм просуществовал почти 170 лет, пока в 60-е годы его не постигла судьба многих культовых сооружений. Храм был сначала закрыт, а в 1982 году частично разрушен и перестроен под гараж для сельхозтехники. По фотографиям, сделанным в 1933 году, можно судить, каким был храм до того, как его превратили в хозпостройку. Даже после переделки он поражает красотой и стилем. О монастыре же известно, что это было простое, скромное здание прямоугольной формы, с двумя деревянными пристройками, в одной из которых находилась приходская школа.

От имения Огинских остались только многовековые тополя - свидетели былого величия. После 1945 года Великая Лапеница прекратила свое существование как отдельный населенный пункт, слившись с соседней деревней Гриневичи, которая находится в Свислочском районе. В Волковысском осталась одна Лапеница - Малая, которая относится к Волковысскому сельсовету. Деревня небольшая, из основных достопримечательностей отметим памятник землякам, погибшим в годы Великой Отечественной войны, установленный в 1967 году, старое заброшенное еврейское кладбище и дендрарий, заложенный в 2010 году учащимися и коллективом ныне не существующей Мало-Лапеницкой школы в честь 65-й годовщины Великой Победы над фашистской Германией.